Lavar bien las valvas (concha) bajo el chorro de agua, siempre fría, y quitar con un cuchillo solo las incrustaciones más fáciles de limpiar. Normalmente no se utilizan las valvas y se pueden desechar una vez abiertos los mejillones, por lo que no importa tanto su aspecto y es suficiente con quitar solo la suciedad más importante. Si se quiere utilizar la concha, entonces habrá que esforzarse más. En este caso, un estropajo de metal es una ayuda considerable. Colocar los mejillones en un recipiente de cristal amplio, sin amontonarlos, para que las microondas puedan llegar a todos por igual.
Tapar el recipiente con su tapa o con un plato e introducirlo en el microondas a 800 vatios durante 5 minutos. Una vez finalizados, sacar y destapar con cuidado de no quemarse con el vapor.Si algún mejillón estuviera cerrado todavía, separarlo de los abiertos e introducirlo de nuevo unos 30 segundos más a la misma potencia.Hay que tener cuidado de no pasarse con la cocción, porque quedarían resecos y arrugados. Pasar los mejillones a otro recipiente y eliminar el biso (pelitos) de su interior con las manos bien limpias. Al estar cocidos, simplemente con tirar un poco se soltará fácilmente de la carne del mejillón.
Si se van a congelar los mejillones ya cocinados para usarlos en otro momento o simplemente no interesan las valvas, retirarlas. Si se va a realizar alguna elaboración que requiera el uso de las conchas, será necesario haberlas limpiado bien y, una vez cocidos los mejillones, retirar solo la valva que no se necesite.
Con un colador de malla fina, colar el caldo obtenido para eliminar las posibles impurezas, y conservar los mejillones cubiertos con este agua en un recipiente bien tapado hasta el momento de su consumo.